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1488년부터 현재의 응진전(應眞殿) 자리에 해행당(解行堂)을 짓고 역대고승(歷代高僧)의 진영(眞影)을 봉안(奉安)해 오다가, 1918년에 이르러 진영은 조사전(祖師殿)으로 이안(移安)하였다가, 1968년부터 해인총림이 설치됨에 따라 진영은 모두 경학원(經學院)으로 이안하였다.

그후 경학원을 해인사 도서관으로 사용하기 위해 진영 및 성보유물을 현 구광루 2층에 옮겨 임시박물관으로 사용하였다. 1989년에 현 방장스님 주지시에 구광루 증.개축 보수공사로 인해 다시 선열당(禪悅堂)으로 옮겨졌다.

이처럼 본사 조사 진영 뿐만 아니라 본말사 성보유물 수천 점을 관리, 보존 할 수 있는 장소가 없어  해인사를 아끼고 사랑하는 많은 사부대중의 숙원 불사였던  해인사 성보박물관 건립 계획이 1993년 12월 20일 가산 이지관스님께서 본사 제20세대 주지로 취임하시면서 적극적으로 추진되었다.

1995년 2월 11일 본사 임회의 결의를 받아 현 금선암 뒤쪽 공터(현 주차장)가 해인사 성보박물관 건립 부지로 선정되고, 1995년 5월 13일 임회에서 박물관 건립 추진위원회를 구성하였다.
1997년 보광스님께서 본사 제22세대 주지로 취임하시면서 현 해인사 성보박물관 자리에 연 건축면적 3578㎡(1082평), 지하 1층, 지상2층 철근콘크리트형으로 공사를 진행하였다.

2000년 세민스님이 주지로 취임하시면서 현 해인사 성보박물관을 완공하고, 2002년 7월 5일에 개관하였다.